花椒在生长发育过程中，由于环境不适或受病原菌的侵害，常常发生一些影响椒树生长挂果结实、产品质量的病害。常有的病害有花椒菟丝子、花椒锈病、花椒根腐病、花椒落叶病、花椒炭疽病、花椒溃疡病、花椒枯梢病、花椒枯枝病、花椒叶斑病、花椒膏病等。现主要介绍花椒根腐病，花椒锈病和花椒膏病。
花椒根腐病常发生在苗圃和成年椒园中。是由腐皮镰孢菌引起的一种土传病害。受害植株根部变色腐烂，有异臭味，根皮与木质部脱离，木质部呈黑色。地上部分叶形小而色黄，枝条发育不全，严重时全株死亡。防治措施：合理调整布局，改良排水不畅，环境阴湿的椒园，使其通风干燥。做好苗期管理，严选苗圃，以15%粉锈宁500-800倍液消毒土壤。高床深沟，重施基肥。

施肥灌水：幼苗出土后，5月中下旬开始迅速生长，6月中下旬进入生长盛时期，也是需肥水多时期，结合灌水要追肥1―2次，主要追施n肥，以促苗木生长，追肥量每亩施硫酸铵、尿素或复合肥20―25kg，追施n肥不可过晚，否则苗木徒长不利越冬。幼苗出土前不宜漫灌，否则土壤易板结，幼苗出土困难，苗木出土率低，如土壤过干可喷水，雨水过多的地方，要注意及时排水防涝，避免积水。
病虫害防治：花椒地上部分病害主要是叶绣病，虫害为蚜虫和花椒凤蝶等危害严重，防治叶绣病可喷洒800―1000倍多茵灵，防治虫害可喷800―1000倍氧化乐果，对地下害虫可在行间开3―5cm深的小沟，将800―1000倍的氧化乐果撒入盖土。
北方一般春季较干旱，应在播种前充分灌水，播种时，先在畦内开沟，沟深2――3cm将种子均匀撒在沟内，然后覆土耙平，轻轻，畦面用地膜覆盖，地膜四周用土封严，以利保墒，增加地温。15天左右